モクレンが日本に伝わった時期は定かではありません。一説には、飛鳥・天平時代の僧侶の衣を木蘭染め（もくらんぞめ）といい、この木蘭が現在のモクレンといわれています。しかし、別の説では、この時代にはまだモクレンは日本に入ってはおらず、木蘭染めは別の草木染めともいわれています。
江戸時代に入ると、貝原益軒が『花普』の中で玉蘭花（モクランゲ）や紫木蘭（ムラサキモクラン）を紹介し、江戸末期には、小野蘭山が深紫色のものを玉蘭花（モクレンゲ）、紫木蘭（シモクレン）とし、白いものを漢名に因んで玉蘭（ギョクラン）と紹介していることからも、庭木として定着していたことが伺えます。
モクレンの花は、江戸時代の名前からも判るように、深紫色と白色があり、大型の花弁が6枚、がく片が3枚、めしべ、おしべが多数あります。葉は大きく、広卵形です。花期は3〜5月で、正に春の花です。
薬用には花期のつぼみを用います。採取したつぼみは日干しにします。中国では、モクレンも辛夷（しんい）と呼び、こぶしと同じように利用します。
つぼみは、コブシと同じシネオールやオイゲノールを含み、他にクエン酸も含みます。
蓄膿症・鼻炎には、日干しにしたモクレンのつぼみ15gと、オナモミの果実（蒼耳子）9g、ヨロイグサの根（白）30g、ハッカ葉15gを乾燥させたものをミキサーで細末にし、毎食後に6gずつ飲むとよいでしょう。