葉も実も香りがよく、薬味としてもよく利用されています。また、ぬかみそに山椒の果皮や種子を一握り入れるとぬかみその腐敗を防止しすることができますし、同量を布袋に入れて米櫃の中に置くと米に虫がつくのを防ぐことができます。
薬としては主に果実が用いられます。9〜10月頃、赤く成熟した果実を摘み取り果枝を除いた果皮と種子を薬用にします。
山椒は特有の芳香と辛みにより、芳香性健胃薬として、センブリや橙皮（ミカンの皮）などとともに使用します。単味では果実2gを粉末にして服用すると健胃薬になります。
利尿には種子10gを300mlの水で半分になるまで煎じて服用します。
皮膚のかぶれには果皮の煎じ汁を塗るという方法もあります。
但し、山椒は温める働きが強いので、胃や腹部、患部に熱感を伴う場合は使用しないでください。