一般に漢方薬としては赤ジソの方がよく使用されます。
シソの葉は紫蘇葉（しそよう）と いい、発汗解熱・利尿・健胃・去痰などの働きがあり、主に風邪の初期の諸症状を緩和する目的で使用されます。
シソの茎枝を乾燥させたものを蘇梗（そきょう）と いい、妊婦のつわりの治療に使用することができます。
シソの種子を乾燥させたものを紫蘇子（しそし）と いい、これには喘息や咳を抑えるはたらきがあります。
またシソの全草を1cm程の大きさに刻み乾燥して保存します。これを2〜3つかみほど布袋に入れ濃く煮出したものをお風呂に入れて入浴剤にすることもできます。 シソの入浴剤は神経痛・リウマチ・腰痛などに効果があると いわれています。
シソ独特の香りはシソ精油で、この香りは食欲をそそるばかりでなく、魚などの毒を消すはたらきもあります 。
また、青ジソの葉には人参の5倍ものカロテンが含まれ、夏バテ防止にもなります。